Ректор Общецерковной аспирантуры и докторантуры. Председатель редакционного совета «Журнала Московской Патриархии», председатель редакционной коллегии журнала «Церковь и время» (Москва), член редколлегии журналов «Богословские труды» (Москва), «Studia Monastica» (Барселона), научно-исторической серии «Византийская библиотека» (Санкт-Петербург). 

Автор более 700 публикаций, в том числе монографий по патристике, догматическому богословию и церковной истории, а также переводов творений Отцов Церкви с греческого и сирийского языков.

Среди книг митрополита Илариона: «Таинство веры. Введение в догматическое богословие» (1996), «Жизнь и учение св. Григория Богослова» (1998), «Духовный мир преподобного Исаака Сирина» (1998), «Преподобный Симеон Новый Богослов и православное Предание» (1998), «Православное богословие на рубеже эпох» (1999), «Священная тайна Церкви. Введение в историю и проблематику имяславских споров»» (в 2-х томах, 2002), «Во что верят православные христиане. Катехизические беседы» (2004), «Православие» (в 2-х томах, 2008-2009), «Патриарх Кирилл. Жизнь и миросозерцание» (2009).